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　　随着太平洋战争的爆发，北平协和医学院于1942年被日军占领，学校被迫停课，许多教职员工撤离北平，前往西南大后方。袁贻瑾、吴宪、叶恭绍等人受国民政府邀请前往重庆工作。 1942年5月，袁贻瑾抵达重庆，并在中央卫生实验院担任流行病学实验所所长。该院成立于1941年4月，由李延安院长领导，设有多个科研小组，袁贻瑾在其中负责流行病学的研究。 1945年，袁贻瑾担任了国民政府卫生部防疫设计委员会主任委员。随后，他还在1946年至1948年期间担任国民政府卫生署流行病学研究所所长，并兼任南京结核病防治院院长。 1946年，袁贻瑾与沈克非、施思明一同前往美国纽约，参加联合国组织召开的国际卫生会议，并代表中国签署了《世界卫生组织组织法》。该法案于1948年4月7日得到26个联合国会员国批准后生效，标志着世界卫生组织的成立，也让4月7日成为了世界卫生日。 1948年3月，袁贻瑾当选为中央研究院首届院士，并于同年9月16日出任卫生部政务次长。但他仅在此岗位上待了几个月，便于1949年1月13日辞去职务，转而接受世界卫生组织的邀请，前往瑞士日内瓦担任结核病资源办公室主任，从此成为联合国官员，致力于全球结核病防治工作，任期为1949年至1952年。 1953年至1959年，袁贻瑾担任世界卫生组织驻联合国儿童基金会的医学主任，兼任医事首席顾问。直到他年满60岁，正式退休。 1960年至1963年，袁贻瑾应邀担任台湾大学公共卫生学访问教授，期间他常在纽约与台北之间往返。1963年至1964年，他又成为夏威夷大学E-W中心的访问学者。 1964年，袁贻瑾应王世杰之邀，回到台湾担任中央研究院总干事，帮助院长王世杰管理日常工作。此时，胡适因心脏病去世，由王世杰继任院长。袁贻瑾的回归为中央研究院带来了宝贵的经验和领导力。 袁贻瑾于2003年在台湾逝世，享年104岁，是中央研究院第一届81位院士中第二位长寿的老寿星，仅次于贝时璋院士。虽然关于袁贻瑾的研究资料较为稀少，特别是在台湾期间的生活与工作资料更是难以查找，但他的贡献依然深刻影响着公共卫生领域。